东汉之前，今天意义上的村落，常以“聚”“里”“格”或“庐”等来命名。其中，“聚”最为常见，它又与“落”连用，称为“聚落”。《汉书·沟洫志》载，民众沿黄河边上可耕田之处，“稍筑室宅，遂成聚落”。赵充国在青海一带招抚罕羌，行军至当地，“令军毋燔聚落，刍牧田中”。从其实指来看，“聚落”并非城邑，而是后世意义上的村落。汉代开始，聚落进入国家行政视野的频率越来越高。《汉书·地理志》中列举了二十多个聚落名；《后汉书·郡国志》中，聚落名增至五十七个。不过，这一时期的文献中尚未见到“村”字。
现存典籍中，“村”字最早出现于《三国志》，共两次。其一为《郑浑传》载：“入魏郡界，村落齐整如一，民得财足用饶。”其二为《乌丸鲜卑东夷传》载：“冬月冰冻，船道不通，乃下居村落。”两处记载至少说明，在陈寿生活的西晋时期，“村”字已经开始被使用。东晋的文献中，“村”字也时有出现，如法显的《佛国记》载：“从此西南行一由延，到那罗聚落，是舍利弗本生村。”葛洪的《抱朴子》卷五《茅君》载：“此村中诸已死者，谁可起之？”文人诗歌中也有一些，如陶渊明的“暧暧远人村，依依墟里烟”“昔欲居南村，非为卜其宅”，等等。诸如此类，既不太多，也不罕见，这是“村”字开始出现时的状态。
关于以“村”作为乡野聚落名称的起源，很多学者作了相关考证。日本的宫崎市定认为，“村”字由“邨”演变而成，后世所谓的“村”与屯田产生有关。宫川尚志在《六朝时代的村》中进一步指出：“村起源于汉代的乡聚，也有的是在魏晋时期战乱破坏的县城废墟上形成的。这些自然聚落的形成起初只是出于军事防卫的目的，此后演变成征税、治安等施政对象。”两位学者都将“村”的起源归结于军事原因。从魏晋时一部分村落的形成来看，确实如此。这一时期战乱不断，实力雄厚的乡里大族多率领百姓逃亡山野之间，修筑坞壁以求自保，有时也称“坞”“壁”“垒”“坞堡”“壁垒”等。由于“坞壁”在选址时，就将耕作生产的因素考虑进来了，所以即使与外界隔绝，民众也可以自给自足。
“村”字出现后相当长的一段时期内，通常与堡、坞等并称，也可见其军事防御性特征。《魏书·尔朱荣传》载：“贼锋已过汲郡，所在村坞悉被残略。”《晋书·李特传》载：“是时蜀人危惧，并结村堡。”根据这些史料的前后文可知，当“村”与“坞”“堡”连用时，一般都处于战事之中。而战乱消除之后，坞堡建筑以及周围的耕作场地并未遭废弃，而是继续被用来居住和生产生活，变成了普通的乡野聚落。这一影响甚远，有些文献中，即使是“村”字被单独使用时，仍可见到其军事痕迹。《魏书·杨播传》载，雍州刺史萧宝夤据州反，杨侃前往讨伐，并昭告被围困村民：“若送降名者，各自还村，候台军举烽火，各亦应之，以明降款。其无应烽者，即是不降之村，理须殄戮，赏赉军士。”从“各自还村”“不降之村”等表述来看，此处被围困之村显然具有军事防御功能。“村”字的起源以及魏晋南北朝时期部分村落的形成，都与军事战乱原因有关，这一点当毫无疑义。
魏晋南北朝时期，“村”被广泛应用于乡野聚落的命名，有两个原因。一是由于世家大族向乡野蔓延，出现了许多新的聚落；二是新出现的汉字“村”字逐渐普及。新兴的事物需要一个新的名称，于是原本与军事相关的“村”字就被用来命名新起的聚落，并对传统的聚落产生了影响。《颜氏家训·勉学》记载了某处由“聚”变成“村”的故实：“吾尝从齐主幸并州，自井陉关入上艾县，东数十里，有猎闾村。后百官受马粮在晋阳东百余里亢仇城侧。并不识二所本是何地，博求古今，皆未能晓。及检字林、韵集，乃知猎闾是旧猎余聚。”北齐皇帝与颜之推起初都不清楚“猎闾村”是由“猎余聚”而来，这说明由“聚”变“村”可能是民间的自发性行为。而“猎闾村”原先不叫“猎余堡”或者“猎余壁”，则表明它的改名与军事原因无关，而恰恰可能是“村”字开始在民间普及的缘故。尽管《颜氏家训》中记载的事例发生在北朝，但是以“村”命名聚落的习气并不局限于某个区域，而是具有全国性的意义。
这也就可以解释，为何在这一时期的相关文献中出现了许多确切的以“村”命名的村落。如《魏书》列传第十二：“至刺史陆龙成时谋叛，聚城北高柳村。”《北周书》帝纪第八：“太上……与长鸾、淑妃等十数骑至青州南邓村。”南齐时，以“村”命名的村落，见于正史的，更是多达十余处。其中，以《南齐书·祥瑞志》所载最多，如：“升明三年三月，白虎见历阳龙亢县新昌村。”“中兴二年二月，白虎见东平寿张安乐村。”“山阳县界若邪村有一綍木，合为连理。”等等。《水经注》记录的村名则共有19处，分布于全国各地，位于山东的有薛村，河北的有北城村，陕西的长柳村，湖北的有须导村、射堂村、平乐村、东亭村，浙江的有徐村、木客村，安徽的有烽村，巴蜀地区的有博村、阳村、故陵村、巴乡村、七谷村，湖南的有乌林村、石塘村、万岁村、湘陂村，等等。
在这一时期的某些石刻资料中，还有很多传统典籍文献中未见或未录入的村名。侯旭东在《北朝村民的生活世界——朝廷、州县与村里》一文中，搜集了45个以“村”命名的聚落。它表明了“村”字在当时民间流行的广泛程度。另外，从名称上来看，此时的某些村落可能已经以某一姓氏为主了，如大吴村、新王村等。而赵村出现了两次，一个位于河南洛阳，另一个位于陕西咸阳。虽然可能同样迫于迁徙，但在迁徙过程中可能演变成了一种以姓氏为单元的集体行为。这或许可以说明，魏晋南北朝时期以地方豪强为首结聚的聚落，在这一动乱时期，仍然有着顽强的态势，不但没有消失，反而有了长足的发展。
正是如此，朝廷或者地方政府不得不开始承认自然形成的村落形态，并在某些情况下设立一个带有一定自治职能的行政管理架构，与郡县相协调。很多基层的事务，都表明是以“村”为单位进行的，具体体现在以下几个方面。其一，税收。《晋书·刘超传》载，刘超征收地方税时，“但作大函，村别付之，使各自书家产，投函中讫，送还县”。《南齐书·竟陵文宣王子良传》载，南齐政府官吏进行征税时，“暮宿村县，威福便行”。其二，行政管理。《宋书·谢方明传》载，南朝宋时，江东实行“一人犯吏，则一村废业”；《南史·郭祖深传》载，南朝梁时，以村为单位，严禁村民当兵叛逃，“一人有犯，则合村皆空”。其三，社会事务。包括流民的安置、荒田的开垦、政府的救助等，也都以村为单位进行。《梁书·武帝纪中》载，梁武帝曾下诏安抚流民：“若流移之后，本乡无复居宅者，村司三老及余亲戚，即为诣县，占请村内官地官宅，令相容受，使恋本者还有所托。”其四，村成为分封单位。南朝宋时，晋熙蛮梅式生被封为高山侯，领地即为牛冈、下柴二村三十户（《宋书·蛮夷传》）。此事虽然主要发生在少数民族地区，而且是偶然行为，但仍值得注意。
当然，这四点还很难体现出魏晋南北朝时期“村”已经被纳入正式的行政单位，并具有完备的行政功能与作用，但至少可以表明，“村”已经成为当时朝廷和地方政府对于民间聚落的习惯性称呼，并进入了国家管理的视野。正是这一时期以“村”命名乡野聚落风气的盛行与普及，所以到唐代的时候，它才最终成为国家管理体系中被正式规定的基层行政单位（《通典》卷三《乡党》）。
整体而言，在中国村落发展史上，魏晋南北朝时期是一个关键时期。最突出的特征，就是出现了以“村”命名乡野民众聚居之所的方式，并逐渐被广泛运用，初步形成了以血缘和地缘为核心的宗族观念与乡里观念，这对中国村落的发展起到了重要作用。此后的一千多年以来，这种对于乡野聚落的命名方式再未发生大的变化，并一直延续至今。
