崇祯九年，清军入侵关内，局势危急，唐王朱聿键见事态紧急，便自行招募了上千兵马，准备前往北京勤王护驾，然而崇祯帝得知后极为愤怒，怀疑他非但不是来救驾，而是有别的企图。自从朱棣成功发动靖难之役，篡夺了皇位，明朝对藩王的防范就愈加严苛。藩王们被要求安分守己，虽然可以在封地中奢侈放纵、为所欲为，但必须远离权力中心，不得妄图插手朝政。许多藩王甚至成为当地百姓的公敌，挥霍无度，令人痛恨。然而，朱聿键却与众不同，他是一个上进的藩王，虽然在许多藩王中并不常见，却深知国家动荡之际，自己不应袖手旁观。作为朱元璋的九世孙，他看到明朝正面临外患，决定主动为国家出力，可最终却因担忧他心怀不轨，遭到崇祯帝的囚禁。
进入监狱的那一刻，朱聿键心中感到一阵熟悉的压抑，这已经是他第二次被囚禁了。第一次囚禁发生在他年仅十二岁时，理由荒诞至极。那时，朱聿键的父亲，唐王世子朱器墭，因容貌丑陋、口中生了一个肿瘤，深得父亲老唐王的嫌弃。老唐王极宠小妾所生的儿子，意图废除朱器墭作为世子的身份，将父子俩关入囚笼，想借此让他们在困苦中悄然死去。朱聿键和父亲被囚禁在阴暗的牢房中，度过了长达十六年的岁月。尽管处境艰难，朱聿键并没有一蹶不振，相反，他勤奋学习，每天从同情他们的小官那儿得到一些食物和书籍，努力充实自己的知识，心怀希望。朱器墭却无法从内心的失望中走出，长期遭受冷落和身体折磨，情绪愈加低落。直到小妾的儿子给他送来一碗药，声称喝下后能治愈他的瘤子，朱器墭误以为这能改变命运，结果却因药物中毒，口吐鲜血而死。朱聿键眼睁睁看着父亲在自己面前死去，悲痛欲绝，孤身一人，心中充满了对不公命运的深深愤怒。
然而，老唐王对儿子的死并不感到痛心，反而松了一口气，认为障碍已除，可以安心立亲信的儿子为世子。在朱器墭的葬礼上，老唐王假装悲伤地流泪，但当地百姓都知道他对父子俩的虐待，因此这一场葬礼并未带来任何同情。朱器墭的突然死因引起了官员陈奇瑜的怀疑，他敢于质疑老唐王是否心怀不轨，提醒他贸然改变继承人可能会引发朝廷追究。最终，老唐王心虚地将朱聿键立为“世孙”。当老唐王去世后，朱聿键继承了唐王之位。尽管如此，朱聿键并未沉浸在痛苦之中，而是投入到更广阔的文人圈中。他热爱读书，并且结交许多志同道合的朋友，每日与他们畅谈文学、交流政治，度过了属于自己的快活时光。
然而，崇祯九年，清军南下，局势更加危急。为了报父仇，朱聿键果断杀死了害死自己父亲的叔叔，并上书请求勤王，但遭到崇祯帝的拒绝。面对屡次遭到冷遇，朱聿键决定采取行动，他私下集结兵力，在半途中甚至与农民军发生过几次冲突。崇祯得知后下令让他立即返还，最终决定削除朱聿键的爵位，将其囚禁在凤阳的皇室监狱中。由于缺乏资源，朱聿键得罪了那些贪婪的太监，时常遭受他们的暴力对待，身上留下了无数伤痕。尽管屡次生病，几乎命丧黄泉，但他总能奇迹般地坚持下来。关押八年后，朱聿键终于获释。
当朱聿键重获自由时，外面的世界已经发生了翻天覆地的变化。李自成攻入北京，崇祯帝自尽，新的皇帝是福王朱由崧，年号弘光，史称弘光帝。虽然得到了大赦，朱聿键仍旧被弘光帝视为威胁，并被迫流放至广西。刚刚出狱的朱聿键身体虚弱，途径时听到噩耗，朱由崧仅在位一年便被清军俘虏并杀害。
1645年7月，在郑芝龙家族和黄道周的支持下，朱聿键于福州登基称帝，改元隆武，成为南明第二任皇帝。登基大典当日，原本晴朗的天气突变，狂风大作，玉玺滚落摔碎，这一不祥之兆令大臣们心生不安。隆武帝即位后，面临的困难可想而知。虽说郑芝龙家族支持他，但他们其实并不真心反清复明，更多是为了自己的利益。郑芝龙与他儿子郑成功的关系较为紧密，隆武帝力图拉拢郑家，希望通过他们的力量稳定局势。可郑家并不完全忠诚，除郑成功外，大部分成员只是为了各自的利益而支持隆武帝。隆武帝虽然是个有理想的君主，品德也不错，但手中的权力非常有限。与此同时，内外的压力不断加大，不仅要应对清军的进攻，还要与在浙江的鲁王朱以海的小朝廷进行斗争，二人争夺皇位的争斗，给抗清事业带来了极大的负面影响。
隆武帝尽力团结各方力量，向李自成的大顺军伸出橄榄枝，吸纳他们加入，以增加抗清的力量。但外部的清军强大，而内部的郑芝龙却按兵不动，与清军暗中接触，准备投降。隆武帝曾有意北伐，但却遭到了郑芝龙的冷嘲热讽，甚至不愿提供任何兵力。忠诚的老臣黄道周提出要北上联络其他义军抗清，隆武帝对此深感触动，可惜他缺乏足够的兵员和财力，只能给黄道周一百道空白委任状。然而，黄道周并非军事人物，带领的义军缺乏训练，结果很快被清军击溃，黄道周最终被活捉并选择绝食抗议。临终时，他痛斥曾经为明朝效力的洪承畴，表示他早已为大明殉国，而洪承畴如今却沦为叛徒。黄道周死后，隆武帝悲痛不已，但时局已不可挽回。
在福建的局势愈发艰难，隆武帝决定亲自带兵北伐，但郑芝龙等人早已投降清朝。隆武帝在逃亡途中仍舍不得丢下自己的藏书，费劲心思地用十辆车将书籍装载，逃难的速度可见一斑。最终，隆武帝在汀州时仅剩下五百人，次日凌晨，清军趁机攻入城中，隆武帝、皇后及太子被残忍杀害，年仅在位一年多。隆武帝的命运，犹如许多明朝的亡国皇帝，虽然有志报国，却始终无法改变历史的潮流。
